その後外壁の仕上を行うときに地面から４０センチぐらいの基礎表面にもなんらかの仕上を施す場合が多いはずです。
そのときに表面にモルタル（セメントと砂を混ぜただけのもの）を左官屋さんがうす塗りしてペンキ塗りなどをしていませんか？
この表面の仕上げのためのモルタルは厚みが薄く（10�o以下くらい）割れやすい、というか割れます。
見た目、基礎面に沢山のひび割れということですとこのモルタル仕上が割れているのではないか？ということが考えられます。

また、ひび割れの程度もどのようでしょうか、お近くに打ち放しコンクリート建築があればその壁面を見ていただくといいのですが、またコンクリートとはいえ、ヘアークラックといわれるコン クリート収縮による細かいひび割れはあるていど発生します。

これはコンクリート硬化時に砂利や砂の珪素とカルシウムが結合する場合に収縮をおこすのが原因ですが、表面だけであれば、これは構造上問題ないとされています。鉄筋にまでクラックが進行していなければ問題ないということのようです。

ただ、もし基礎に構造上問題になるほどの深いクラックが発生しているとなると不同沈下を起こし始めている可能性もありますので注意が必要です。
この沈下というのは基礎下の地盤が柔らかく基礎が沈んでいく現象です。このとき全体が均一に沈んでいけば問題ないのですが、一部だけの地盤が柔らかいときに基礎の一部だけに建物の重量がかかり、その部分の基礎が折れてしまうのです。
この状態は非常に危険です。

基礎の構造上の問題というのは地盤の問題ともからんでいますのでそちらはどうでしょうか、近隣の建物でそういった地盤の問題は起きていませんか？
もとが田んぼや沼などの場合は柔らかいとはいえ、全体が均一に柔らかいので比較的、不同沈下にはなりにくいようです。
工務店の点検だけでなく、やはり設計した建築士の立会いをお願いしたほうが良いでしょう。